Böbrek içindeki küçük taşlar genellikle belirgin ağrı yapmazlar. Boyutları arttıkça yeri net olarak tanımlanamayan, sıklıkla bel – adale ağrısıyla karışan, alışılmışın dışında fiziksel aktivite gösterildiğinde daha da belirginleşen ağrılara ve/veya zaman zaman sabah idrarında renk değişikliğine (pembe – kırmızı) neden olabilirler. Aslında bu şikâyetler taşın ilk uyarılarıdır. Taş böbrek içinde kaldığı sürece muhtemelen yavaş yavaş büyüyecektir. Hasta da sıklıkla bu şikâyetlere alışacak ve önemsemeyecektir. Başka bir nedenle yapılan kontrollerde taş tesadüfen veya hareket ederek ağrı yapmasıyla saptanabilir.

Böbrek içinde sessiz duran taşın hareket ederek idrar kanalını (üreter) tıkamasıyla
ortaya çıkan ağrı (renal kolik), böbrek taşı için tipiktir. Bu ağrı çok şiddetli, zaman zaman dayanılmayacak boyuta ulaşan, zaman zaman azalan ancak tam olarak hiç geçmeyen tarzdadır. Ağrı şiddetlendiğinde refleks bir mekanizma ile (mideyi kontrol eden sinirlerin uyarılması sonucu) bulantı/kusma da görülebilir. Bulantı/kusma, ağrı ortadan kaldırılmadıkça geçmez, genellikle bulantıya karşı kullanılan ilaçlar fayda sağlamazlar. Bazı durumlarda bulantı/kusma şikâyetleri ağrıdan daha da baskın olabilir.

Taş idrar kanalı içine ilerleyebilecek büyüklükteyse hasta taşın ilerlediğini hissedebilir. Bu durumda ağrı yer değiştirerek karnın ön bölümünden kasığa doğru yayılır. Taş idrar kanalında bulunduğu sürece tıkanıklığa neden olacaktır.

Ağrı tıkanıklık sırasında böbreğin ürettiği idrarın mesaneye geçememesi ve böbreğin içinde birikerek iç boşlukları genişletmesiyle (hidronefroz) oluşur. Taş idrar kanalının neresinde olursa olsun idrar akımını bozacağı için böbrek içinde genişlemeye ve ağrının böbrekte hissedilmesine neden olacaktır. İdrar kanalının alt 1/3’lük kısmındaki taşlar idrar yaparken yanma, sızlama, sık sık az az idrar yapma gibi sistite benzer yakınmalara neden olabilir.